Mit Laboruntersuchungen von Blut versucht der Arzt festzustellen wie stark die Entzündung ist und ob der Patient durch die entzündeten Darmabschnitte an Mangelerscheinungen, wie Vitamin B-12 Mangel leidet.
Bei einer starken Entzündungsreaktion findet man erhöhte Werte bei der Blutsenkungsgeschwindigkeit (BSG), eine erhöhte Anzahl von weißen Blutkörperchen (Leukozyten) und auch der Wert des C-reaktiven Proteins (CRP)ist meist erhöht.
Mangelerscheinungen entstehen, wenn der Morbus Crohn bestimmte Darmabschnitte befallen hat, in denen wichtige Nahrungsbestandteile durch den Darm aufgenommen werden. Hat der Arzt den Verdacht, das beim Patienten Mangelzustände vorliegen, lässt er die Werte für Vitamin B-12, Eisen, Folsäure, Ferritin, Kalzium, Zink, Vitamin A, Vitamin D und Albumin bestimmen. Auch werden die Werte für die roten Blutkörperchen, die Blutplättchen und der rote Blutfarbstoff bestimmt, denn es könnte eine Blutarmut vorliegen. Sollte der Arzt vermuten, dass auch andere Organe betroffen sind, lässt er weitere Werte bestimmen. Das sind beispielsweise die Nierenwerte oder die Schilddrüsenwerte.
Die Stuhluntersuchung dient der Bestimmung von eventuell vorhandenen Erregern. Denn auch bakterielle Infektionen können ähnliche Symptome hervorrufen.